Outra abordagem comum é a utilização de corantes cromóforos, que são ancorados em estruturas específicas em determinadas amostras, revelando sua morfologia. Desta forma, estruturas transparentes podem ser analisadas. Na microscopia eletrônica, a preparação da amostra é completamente diferente. Na maioria dos casos, a amostra precisa estar completamente seca e condutora. O porta-amostras é de metal e é chamado de stub. Para fixar a amostra em sua superfície, é utilizada fita de carbono, que também é condutora.

 Um procedimento chamado metalização

 Para microscopia eletrônica de varredura (MEV), é necessário um procedimento chamado metalização. Consiste na deposição catódica a frio (sputtering), que permite a deposição de finas camadas de ouro, platina, cromo, etc. (da ordem de alguns nanômetros) sobre a amostra. Outra forma de metalização é a evaporação do carbono. Para microscopia eletrônica de transmissão (TEM), é importante que a amostra seja muito fina, inferior a 50 nm, o que geralmente resulta em uma preparação de amostra mais fina. Eles ocorrem em uma pequena tela de metal (ou grade) com um diâmetro de 3 mm. Existem vários métodos de preparação, como diluir amostras coloidais e cair em telas revestidas. Corte ultrafino e moa a amostra para depositar na malha.

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